Давайте рассмотрим каждое предложение и исправим ошибки, если они есть. Я объясню, что именно мы изменим.

1. Мы не можем найти наши деньги - они взяты.
   Здесь правильнее будет сказать: "Мы не можем найти наши деньги - они украдены." Это связано с тем, что слово "взяты" не передает смысл, который мы хотим выразить. Исправленное предложение: Мы не можем найти наши деньги - они украдены.
2. Эти джинсы длиннее, чем те.
   Это предложение правильное. Однако, если мы хотим сделать его более естественным, можно добавить слово "другие": "Эти джинсы длиннее, чем другие." Исправленное предложение: Эти джинсы длиннее, чем другие.
3. У Бена два занятия по литературе в неделю.
   Это предложение также правильное. Оно четко передает информацию о количестве занятий. Исправленное предложение: У Бена два занятия по литературе в неделю.
4. Наша кошка бегает быстро, когда она испугана.
   Это предложение тоже корректно, но можно немного изменить структуру для лучшего звучания: "Когда наша кошка испугана, она бегает быстро." Исправленное предложение: Когда наша кошка испугана, она бегает быстро.
5. Клэр делает свою домашнюю работу в данный момент.
   Это предложение правильно, но можно использовать более естественную форму: "Клэр сейчас делает свою домашнюю работу." Исправленное предложение: Клэр сейчас делает свою домашнюю работу.
6. Начали ли студенты работать над проектом вчера?
   Это предложение тоже правильное. Однако, можно немного изменить его структуру для лучшего звучания: "Студенты начали работать над проектом вчера?" Исправленное предложение: Студенты начали работать над проектом вчера?

Теперь у нас есть исправленные предложения, которые звучат более естественно и правильно. Если у вас есть вопросы по какому-либо из них, не стесняйтесь спрашивать!