Чтобы правильно определить падежные формы числительных в указанных сочетаниях, необходимо учитывать, какие падежи используются в каждом конкретном случае. Давайте разберем каждое сочетание по порядку.
    - 
        Девяноста девятым маршрутом
        
            - Числительное "девяноста девятый" стоит в творительном падеже, так как отвечает на вопрос "кем?"
- "Маршрут" - существительное в творительном падеже (с каким маршрутом?).
 
- 
        Семистами пяти рублями
        
            - Числительное "семь" в форме "семистами" - творительный падеж, так как отвечает на вопрос "кем?".
- "Пяти рублями" - "пять" в родительном падеже (сколько рублей?).
 
- 
        Обоими студентками
        
            - "Оба" в форме "обоими" - творительный падеж (кем?).
- "Студентками" - существительное в творительном падеже.
 
    - 
        Триста восемнадцать суток
        
            - "Триста восемнадцать" - именительный падеж (что?).
- "Суток" - родительный падеж (сколько суток?).
 
- 
        Две тысячи третий год
        
            - "Две тысячи" - именительный падеж (что?).
- "Третий" - именительный падеж (какой?).
- "Год" - именительный падеж.
 
- 
        Полутора метров
        
            - "Полутора" - родительный падеж (сколько?).
- "Метры" - родительный падеж (сколько метров?).
 
- 
        Четырьмястами семьюдесятью восемью рублями
        
            - "Четыреста" в форме "четырьмястами" - творительный падеж (кем?).
- "Семьюдесятью восемью" - творительный падеж (сколько рублей?).
 
    - 
        Пятидесятью семью тысячами избирателей
        
            - "Пятидесяти" в форме "пятидесятью" - творительный падеж (кем?).
- "Тысячами" - творительный падеж (сколько тысяч?).
- "Избирателей" - родительный падеж (сколько избирателей?).
 
- 
        Ста двадцати восьми школьниками
        
            - "Ста двадцати восьми" - родительный падеж (сколько?).
- "Школьниками" - творительный падеж (кем?).
 
- 
        Полуторами днями
        
            - "Полуторами" - творительный падеж (кем?).
- "Днями" - творительный падеж (кем?).
 
- 
        Сорок четырем депутатам
        
            - "Сорок" - именительный падеж (что?).
- "Четырем" - дательный падеж (кому?).
- "Депутатам" - дательный падеж (кому?).
 
- 
        Тремстам семнадцати учащимся
        
            - "Тремстам" - дательный падеж (кому?).
- "Семнадцати" - родительный падеж (сколько?).
- "Учащимся" - дательный падеж (кому?).
 
    - 
        Двухтысячепервый год
        
            - "Двухтысячепервый" - именительный падеж (какой?).
- "Год" - именительный падеж (что?).
 
- 
        Четыресто семдесят шесть дней
        
            - "Четыресто" - именительный падеж (что?).
- "Семдесят шесть" - именительный падеж (что?).
- "Дней" - родительный падеж (сколько дней?).
 
- 
        Объим аспиранткам
        
            - "Обеим" - дательный падеж (кому?).
- "Аспиранткам" - дательный падеж (кому?).
 
- 
        Книга с шестьюдесятью четырьмя рисунками
        
            - "Шестьюдесятью четырьмя" - творительный падеж (с чем?).
- "Рисунками" - творительный падеж (с чем?).
 
Надеюсь, что это объяснение поможет вам лучше понять, как правильно использовать падежные формы числительных в русском языке!