Разберём слово по частям: малыш = мал (корень) + -ыш (суффикс).
Чтобы проверить первую букву «а» в корне, нужно подобрать родственное слово, где эта гласная стоит под ударением — тогда слышно, какая буква там должна быть.
Подходящие проверочные слова: мАло или мАлый (ударение на «а»). В них корень тот же — мал, и гласная «а» слышна ясно.
Итог: корень — мал, проверочное слово для первой «а» — мало (или малый).