В русском языке правила написания слов слитно и раздельно зависят от их значения и контекста. Давайте разберем предложенные вами примеры и выделим ключевые моменты.
    - 
        Камни падали (в) низ, и не слышно было, что(бы) ни ударялись о одно ущелье.
        
            - Слово (в) низ пишется раздельно, так как это предлог и существительное, которые не образуют единого смыслового целого.
 
            - Слово что(бы) пишется раздельно, так как "что бы" в данном контексте является союзом, который указывает на условие.
 
        
     
    - 
        Пес шарахнулся (в) бок и все так(же) молча кинулся на меня.
        
            - Слово (в) бок пишется раздельно, так как это предлог и существительное.
 
            - Слово так(же) пишется слитно, так как "также" является наречием и обозначает "в таком же роде".
 
        
     
    - 
        Кого и (от)чего я мог спасти - было не(со)всем ясно.
        
            - Слово (от)чего пишется раздельно, так как это предлог и вопросительное местоимение.
 
            - Слово не(со)всем пишется слитно, так как "несовсем" является отрицательной формой слова "совсем".
 
        
     
    - 
        (И)так хороши семена, а он их еще и (в)ручную перебирает.
        
            - Слово (и)так пишется слитно, так как это союз, который связывает части предложения.
 
            - Слово (в)ручную пишется слитно, так как это обстоятельственное выражение, указывающее на способ действия.
 
        
     
    - 
        (В)след (за)тем я получил приказание остановить маятник часов.
        
            - Слово (в)след пишется раздельно, так как это предлог и существительное.
 
            - Слово (за)тем пишется слитно, так как это наречие, указывающее на последовательность действий.
 
        
     
    - 
        (В)последствии мне удалось узнать, (от)чего этот ...
        
            - Слово (в)последствии пишется слитно, так как это наречие, обозначающее время.
 
            - Слово (от)чего пишется раздельно, так как это предлог и вопросительное местоимение.
 
        
     
Таким образом, запомните основные правила:
    - Слова пишутся слитно, если они образуют единое смысловое целое (например, наречия, составные союзы).
 
    - Слова пишутся раздельно, если это предлоги и существительные, или если это частицы и местоимения.
 
Если у вас остались вопросы, не стесняйтесь спрашивать!