Чтобы определить, какие предложения осложнены обособленными присоединительными конструкциями, давайте сначала разберемся, что такое присоединительная конструкция.
Присоединительная конструкция — это группа слов, которая добавляет дополнительную информацию к основному содержанию предложения, но не является его необходимой частью. Обычно такие конструкции выделяются запятыми и могут начинаться со слов "то есть", "а именно", "как", "в том числе" и других.
Теперь давайте проанализируем предложенные вами примеры:
    - Мы сидели на полукруглой гранитной скамейке у самого спуска в Неву и где-то внизу волна, чуть слышно ударяя о каменный берег. 
        
            - Это предложение не содержит присоединительной конструкции.
 
- Всё, в том числе и смешной, подпрыгивающий парень, подтянулись к как окошечку. 
        
            - Здесь присутствует присоединительная конструкция "в том числе и смешной", которая уточняет, что речь идет о подпрыгивающем парне. Это предложение осложнено обособленной присоединительной конструкцией.
 
- В то время, именно год назад, я ещё сотрудничал по журналам. 
        
            - Это предложение также не содержит присоединительной конструкции.
 
- Любая, даже самая сложная проблема, может быть изложена просто и доступно. 
        
            - Здесь есть обособленная конструкция "даже самая сложная проблема", которая уточняет "любая проблема". Это предложение осложнено обособленной конструкцией.
 
- На пригородной электричке, то есть электропоезде, мы добрались до конечного пункта. 
        
            - В этом предложении присутствует присоединительная конструкция "то есть электропоезде", которая поясняет, что такое "пригородная электричка". Это предложение также осложнено обособленной присоединительной конструкцией.
 
- Он в страхнул кудрями и самоуверенно, почти с вызовом, глянул наверх. 
        
            - Это предложение не содержит присоединительной конструкции.
 
Таким образом, предложения, осложненные обособленными присоединительными конструкциями:
    - 2. Всё, в том числе и смешной, подпрыгивающий парень, подтянулись к как окошечку.
- 4. Любая, даже самая сложная проблема, может быть изложена просто и доступно.
- 5. На пригородной электричке, то есть электропоезде, мы добрались до конечного пункта.